Contrairement aux microbes du sol, ces champignons vivent à l’intérieur des plantes, dans leurs racines, tiges ou feuilles. Cette position leur permet d’agir comme de véritables régulateurs internes : ils influencent la croissance, modulent les défenses immunitaires, améliorent la résistance au stress. Dans un contexte de changement climatique, ils apparaissent comme des “tampons biologiques” capables d’aider les plantes à survivre dans des conditions extrêmes.

L’étude conduite pas des chercheurs chinois et pakistanais et publiée en février 2026 met en lumière un système de communication complexe entre plante et champignon, appelé “crosstalk moléculaire”. Ce dialogue repose sur plusieurs mécanismes :

• • reconnaissance mutuelle (signaux MAMP/DAMP)
  • régulation des hormones végétales (auxine, ABA, jasmonate…)
  • contrôle du stress oxydatif
  • modulation du système immunitaire

Des mécanismes encore émergents — comme l’échange d’ARN entre espèces ou les vésicules extracellulaires — pourraient même permettre une communication inter-règnes avancée, bien que ces processus restent encore peu confirmés.

Résultat : la plante tolère le champignon sans le considérer comme un parasite, tout en bénéficiant de ses services. La relation repose sur un principe simple. La plante fournit du carbone (issu de la photosynthèse), en retour le champignon offre des bénéfices incluant : une meilleure absorption de nutriments (azote, phosphore, fer) et l’amélioration de la tolérance à la sécheresse ou au sel.

Les champignons endophytes ne sont pas de simples passagers. Ce sont des partenaires dynamiques capables d’aider les plantes à s’adapter aux bouleversements climatiques… mais seulement si l’équilibre biologique est maintenu.

Néanmoins, l’étude alerte. Cet échange est conditionnel : en période de stress intense, le coût peut dépasser les bénéfices, et la relation peut basculer vers un état neutre, voire négatif. Sous stress modéré, les endophytes améliorent la performance des plantes. Mais sous stress extrême, la symbiose peut s’effondrer.

Au-delà de la plante, ces champignons influencent également la structure des communautés microbiennes du sol, les cycles des nutriments et la résilience des écosystèmes

Malgré leur potentiel, l’étude reconnait que plusieurs défis persistent : forte dépendance au contexte (plante, sol, climat), résultats souvent variables en conditions réelles et manque de validation à grande échelle