Les amibes ne sont pas seulement des organismes parfois pathogènes, elles jouent aussi des rôles utiles dans les sols et les écosystèmes, notamment en recyclant la matière organique, en régulant les populations microbiennes et en libérant des nutriments utiles aux plantes. Les amibes ont, en effet, une image ambivalente : certaines espèces sont pathogènes ou peuvent héberger des microbes problématiques, donc leur rôle dépend fortement de l’espèce, du contexte et de l’environnement.

Fin 2024, une équipe d’une dizaine de chercheurs indiens a montré que certaines amibes peuvent contribuer à la santé des agroécosystèmes en consommant des micro-organismes nuisibles et en participant au cycle des nutriments dans la rhizosphère. Elles sont présentées comme des acteurs potentiels de biocontrôle, avec un intérêt possible pour réduire certaines maladies des plantes de façon plus durable que les approches chimiques seules.

Dans les sols, les amibes mangent des bactéries et d’autres microbes, puis restituent une partie des nutriments sous une forme plus disponible pour les plantes. Cette activité peut soutenir la fertilité biologique du sol, aider à maintenir un microbiome plus équilibré et, dans certains cas, limiter la prolifération d’agents pathogènes végétaux.

L’étude suggère alors que les amibes pourraient aider à contrôler certains pathogènes des plantes, ce qui ouvre des pistes pour des stratégies de protection plus écologiques. L’intérêt principal est scientifique et agronomique : mieux connaître les interactions sol-microbiome-plante pour concevoir des systèmes plus résilients.

Pour les agriculteurs, le message n’est pas qu’il faut “ajouter des amibes”, mais plutôt qu’il faut préserver un sol vivant favorable à l’activité des micro-organismes utiles. Les pratiques qui maintiennent une bonne activité biologique du sol (couverture, rotations, irrigation raisonnée, fertilisation équilibrée) peuvent indirectement soutenir ces fonctions microbiennes bénéfiques.

L’étude conclue que ces pistes restent à l’étude et que l’usage des amibes comme outil de biocontrôle est encore expérimental.